Дед будущего писателя, Борух Бер-Залманов Заходер, являлся первым казённым раввином Нижнего Новгорода. Его трудами было устроено в городе еврейское училище, в котором бедные дети могли обучаться бесплатно; проведён ремонт хозяйских помещений на старом еврейском кладбище; построена синагога (1883 г.).

Мать, Полина Наумовна Герценштейн, свободно владела несколькими языками, в том числе немецким и английским. Именно она приобщила сына к немецкой литературе. Когда Борису было 14 лет, она покончила с собой, отравившись уксусной кислотой. Трагическая гибель матери стала глубокой душевной травмой для писателя, который, даже будучи в пожилом возрасте, задавался вопросом, почему это произошло.

Отец, Владимир Борисович Заходер, работник авиапромышленности, впоследствии неоднократно женился. Последняя жена после его смерти в 1941 г. сожгла все семейные документы, личные вещи и книги. Фотографии родителей — немногое из того, что удалось сохранить Борису Заходеру.

В детстве Заходер получил домашнее музыкальное образование (больше всего любил Шопена и Бетховена). С раннего возраста интересовался естествознанием, не расставался с книгами "Жизнь животных" А.Э. Брема и "Жизнь насекомых" Ж.А. Фабра. Прямым следствием этого интереса было поступление по окончании школы на биологический факультет Казанского университета (1936 г.), затем перевод на тот же факультет в МГУ им. Ломоносова. Однако любовь к литературе (а сказки Заходер сочинял ещё в шестилетнем возрасте) победила – в 1938 г. Заходер поступил в Литературный институт им. М. Горького, в котором он учился в общей сложности 9 лет, так как две войны — Финская и Великая Отечественная — прерывали его учёбу.

И на ту, и на другую войну он ушёл добровольцем. В Великую Отечественную войну был дважды награждён медалью "За боевые заслуги" (1944 и 1946 гг); в 1985 г., к сорокалетию Победы, его наградили орденом Великой Отечественной войны II степени. Обе войны оставили в творческой биографии Бориса Заходера след – это фронтовые стихи, к которым он впоследствии обращался неоднократно, правя их даже после того, как они были напечатаны.

Институт Заходер окончил в 1947 году, получив диплом с отличием. После этого начался один из самых сложных периодов в творчестве. Было опубликовано лишь одно стихотворение ("Морской бой") в журнале "Затейник" и несколько пересказов народных сказок в журнале "Мурзилка". Есть сведения о том, что существовало негласное указание не печатать некоторых авторов, в числе коих был и Заходер.

В этот же период Заходер начал заниматься переводом. В 1952 году в "Народной библиотеке "Огонька" вышли его переводы рассказов Анны Зегерс (под псевдонимом "Б. Володин"); с 1955 по 1960 год Борис Заходер перевел на русский язык "Сказки и веселые истории" Карела Чапека, а также некоторые произведения Яна Грабовского, Юлиана Тувима и Яна Бжехвы.

В 1958 году Заходер вступил в Союз писателей СССР. В том же году его пересказ сказки английского писателя Алана Милна "Винни-Пух" был помещен в детском журнале "Мурзилка". Первое издание книги увидело свет в 1960 году (издательство "Детский мир"). Книга называлась "Винни-Пух и все остальные"; начиная со второго издания, выпущенного "Детской литературой" в 1965 году, она стала называться "Винни-Пух и все-все-все". По популярности книга даже превзошла оригинал.

В 1967 году в США был выпущен факсимильный вариант книги Заходера "Винни-Пух". С 1969 по 1972 год студия "Союзмультфильм" выпустила по книге о Винни-Пухе три мультфильма. В Музыкальном театре для детей была поставлена опера "Снова Винни-Пух".

В начале 1960-х годов Борис Заходер перевел пьесу Джеймса М. Барри "Питер Пэн". В 1968 году были написаны тексты песен к спектаклю "Питер Пэн", поставленному в Центральном детском театре в Москве. В период 1950-х —1980-х годов были изданы сборники стихов Бориса Заходера: "На задней парте" (1955), "Никто и другие" (1958), "Кто на кого похож" (1960), "Товарищам детям (1966)", "Школа для птенцов" (1970), "Считалия" (1979), "Моя Вообразилия" (1980), "Если мне подарят лодку" (1981) и др. Так же его произведение печатались в газете "Пионерская правда" и журнале "Мурзилка".

Помимо стихов, Борис Заходер был автором прозаических произведений: книг сказок "Мартышкино завтра" (1956), "Добрый носорог" (1977), "Жил-был Фип" (1977), сказки "Серая звездочка" (1963), "Русачок" (1967), "Отшельник и Роза" (1969), "История Гусеницы" (1970), "Почему рыбы молчат" (1970), "Ма-Тари-Кари" (1970), "Сказка про всех на свете" (1976) и многих других.

Основная тема детской поэзии Заходера — мир животных, среди которых со своими убедительными и яркими, индивидуализированными характерами и повадками предстают как хорошо известные персонажи (кенгурята, антилопы, верблюды, хорьки, страусы), вызывающие не только умиление, но и раздражение такими чертами, как дикость, невежество, самолюбование, глупость (это кабаны, носороги, павлины, попугаи), так и невиданные звери, известные лишь читателям Л.Даррелла и других классиков мировой детской анималистической литературы, в т.ч. самого Заходера (Кавот, Камут, Мним, Рапунок, Южный Ктототам, Пипа Суринамская). Как и положено героям детских произведений, звери Заходера совершают злые и добрые поступки, разговаривают и спорят между собой и с людьми, обращаются с просьбами о справедливости и защите.

Наибольшую известность принесли Борису Заходеру переводы и пересказы детских сказок: "Мэри Поппинс" Памелы Трэверс (1968), "Приключения Алисы в Стране Чудес" Льюиса Кэррола (1971-1972), сказок Карела Чапека, братьев Гримм ("Бременские музыканты", 1982, и др.), пьеса Джеймса М.Барри "Питер Пэн" (1967).

В 1996 году малым тиражом вышли сборники лирики "Листки" и "Почти посмертное". В 1997 году вышла книга "Заходерзости". Острота мысли и свежесть поэтического языка отличают и "взрослые" стихи Заходера.

Стихи и сказки писателя переведены на многие языки мира и изданы в Англии, США, Австралии, Германии, Польше, Румынии, Чехии, Словакии. Борис Заходер был награжден Международной премией им. Г.Х. Андерсена (1978, за авторский пересказ "Алисы в стране чудес"); в 1993 году получил премию и диплом Ассоциации детских писателей и Национальной секции России в Международном совете по детской литературе (за вклад в развитие детской литературы); в 1994 году — премию и диплом издательства "Детская литература"; в 1996 году — диплом по итогам Всероссийского конкурса читательских симпатий "Золотой ключик-1996". Награжден медалью К.Д. Ушинского (1998), в 2000 году получил Государственную премию РФ.

Писатель был трижды женат. Первой его женой была Нина Зозуля, дочь известного прозаика Ефима Зозули, второй женой — Кира Смирнова, артистка эстрады.
Третьей женой Бориса Заходера в 1966 году стала Галина Романова, фотохудожник и литератор.

Борис Заходер скончался 7 ноября 2000 года, на 83-м году жизни. Похоронен на Троекуровском кладбище в Москве.

Запись Мировые знаменитости родом из Молдовы: Борис Заходер – сказочник, который написал книгу «Винни Пух и все-все-все» впервые появилась Locals.